El Montessori Palau Girona dispone de aulas de 200 m2 para los alumnos más pequeños y hasta que tienen 2 años y medio, y aulas de 100 m2 a partir de los 2 años y medio y hasta los 6 años. Todas ellas, con su entorno natural exterior, equipadas con materiales a la medida del niño, dispuestos en un orden concreto y preciso, y con un diseño que despierta su interés y sensibilidad. Este ambiente es similar al de un hogar. Las aulas incluyen todo el material de la Pedagogía Montessori. Las oportunidades de movimiento dentro del aula van dirigidas a un refinamiento, que servirá para la adquisición de los conceptos abstractos, el conocimiento del entorno y de todas las otras áreas del currículo. 

El Montessori Palau Girona dispone de aulas grandes con materiales Montessori y de diseño propio, espacios de laboratorio y materiales multimedia que permiten el acceso a todos los campos del conocimiento, con áreas específicas delimitadas para el desarrollo personal y educativo. También es parte de este ambiente, el bosque, el huerto y la granja, el entorno escolar y la sociedad real que, a partir de salidas culturales, ayuda a comprender el funcionamiento del mundo.

Todas las aulas y espacios están equipados con las últimas tecnologías de la información y la comunicación al servicio de la metodología pedagógica.

Las aulas de 1º, 2º y 3º de ESO son de 200 m2, y están equipadas con cocina y laboratorio cada una de ellas y servicios individuales, para crear ambientes de trabajo diversificados, trabajar en grupos cooperativos y para la gestión del conocimiento. Este entorno promueve la iniciativa, la autonomía y la responsabilidad del alumno.